Ötzi had waarschijnlijk Zweepworm, een inwendige parasiet. Met behulp van CT-scans is bekend geworden dat drie of vier ribben van zijn rechter ribben werden samengedrukt toen hij na zijn dood met zijn gezicht naar voren op de grond lag, of toen zijn lichaam werd verpletterd door het ijs. Verder ontdekte men dat zijn buitenste huidlaag ontbrak, een gevolg van zijn mummificatie in het ijs. Hij had aderverkalking. Ötzi had een slecht gebit: onderzoek aan de Universiteit Zürich met behulp van een CT-scan bracht naar boven dat hij last had van ontstekingen rond zijn gebit, infectieziektes (ook rond zijn gebit) en tandbreuken.